Côté protection quand un accident ne peut être évité, toutes les Jetta offrent une multitude de caractéristiques ultramodernes et d'éléments structuraux conçus pour former un système de sécurité qui aide à protéger les occupants. Au cours des dernières années, la Jetta berline a reçu plusieurs mentions importantes en matière de sécurité dont un classement cinq étoiles en matière de collision frontale (et quatre étoiles pour impact latéral) de la National Highway Traffic Safety Administration (NHTSA), et un classement "BON" (une des trois seules petites cylindrées à recevoir cette mention), en matière de collision générale, de l'agence américaine Insurance Institute for Highway Safety.
Le système de sécurité de la Jetta commence par la structure exceptionnellement rigide de sa carrosserie qui comprend des zones de déformation à absorption d'énergie. En cas de collision grave, ces zones se plient en accordéon et absorbent l'énergie cinétique pour aider à protéger l'importante structure centrale.
Ce système fonctionne de concert avec un système de retenue complémentaire de pointe. En plus des coussins gonflables pour le conducteur et le passager avant, la voiture utilise un système de tendeurs de ceintures de sécurité qui augmente la tension des ceintures avant dans les quelques millisecondes suivant une collision grave. Ces ceintures de sécurité à trois points comportent également un dispositif de réglage en hauteur au niveau de l'épaule et, pour bien fixer un siège d'enfant, qui ne devrait être installé que sur la banquette arrière, des enrouleurs à verrouillage automatiques (EVA) et des enrouleurs à verrouillage d'urgence (EVU).