En 1999, l'Accord a reçu de légers changements au niveau de son équipement. Tout d'abord, les versions EX à moteur 4 cylindres ont hérité de l'habitacle en cuir avec sièges avant chauffants et commande électrique du siège du conducteur. Ensuite, on a ajouté à la version LX berline l'antiblocage des freins, même si ces derniers demeuraient à tambour à l'arrière. Finalement, on a redessiné les rétroviseurs extérieurs, lequels sont devenus rabattables.
Peu de changements ont touché l'Accord du nouveau millénaire. Plusieurs couleurs de carrosserie ont été supprimées et les sacs gonflables latéraux ont été ajoutés sur les modèles EX et EX V6. Cependant, une nouvelle version Special Edition a été lancée en reprenant l'ensemble des équipements de la version LX. On y a ajouté les jantes en alliage, les moulures latérales de couleur assortie, le lecteur CD avec deux haut-parleurs additionnels, le déverrouillage à distance et les appliques de similibois au tableau de bord. Son prix de détail n'était supérieur que de 100$ par rapport à la LX, ce qui lui a valu sa forte popularité. En contrepartie, les concessionnaires qui avaient commandé plusieurs exemplaires de l'Accord LX ont dû donner de gros rabais à la clientèle pour pouvoir les liquider.
Pour sa quatrième année sous cette forme, l'Accord 2001 a subi quelques changements esthétiques mineurs. Les feux arrière, la grille de calandre, les pare-chocs, les enjoliveurs de roues et les jantes en alliage ont été redessinés. Les versions DX et SE ont été rayées du catalogue au profit d'une nouvelle Accord LX à moteur V6. Comme la EX V6, cette nouvelle version avait droit aux sacs gonflables latéraux, aux freins à disque aux quatre roues, au système antipatinage (nouveau en 2001)et aux sièges à réglage électrique. En ce qui concerne le coupé, la version LX a été retirée au profit d'un coupé EX à moteur 4 cylindres.
L'Équipement de série a également été rehaussé pour l'ensemble des modèles, puisque les versions LX, LX V6 et EX avaient désormais droit au lecteur CD avec 6 haut-parleurs. Quant à la EX V6, elle recevait un changeur de six disques compacts et un lecteur de cassettes. Toutes les versions recevaient également des moulures latérales et des rétroviseurs de couleur assortie.
Pour la cinquième et dernière année de commercialisation de cette sixième génération de l'Accord, Honda a concocté trois versions Édition Spéciale plusieurs caractéristiques intéressantes. La première est une berline LX à laquelle on a ajouté le toit ouvrant électrique, les jantes en alliage distinctes, les freins antiblocage, le système de déverrouillage à distance, les sièges chauffants, la chaîne audio avec lecteur CD et cassette, le volant gainé de cuir et les garnitures de similibois. La même chose a été faite du côté du coupé auquel on a ajouté les mêmes éléments. Troisièmement, la berline LX V6 Édition Spéciale s'est également vu bonifiée par l'ajout de ces caractéristiques.